Von Beginn an versuchte Kötting die städtischen Verantwortlichen zu bewegen, die naturwissenschaftlichen Fachräume zu modernisieren und die dringend notwendigen Kapazitäten zu erweitern. Angesichts des Sanierungsstaus und der Prioritätensetzung der Stadt geschah dies nur in sehr lang sich hinziehenden Zeiträumen. Die beiden Physik- und die dazwischen liegenden Sammlungs- und Vorbereitungsräume wurden nacheinander in ihrem Bestand und ihrer Einrichtung den Erfordernissen eines richtliniengemäßen Unterrichts angepasst. Der Biologiefachraum samt Sammlung erhielt Vorzeigecharakter, so dass Mikroskopübungen, Präparationen und Experimente in den Vordergrund treten konnten. Der noch von 1952 stammende, nach hinten hoch laufende Chemiehörsaal verwandelte sich in einen ganz modernen Fachraum mit einem völlig umgestalteten Sammlungs- und Vorbereitungsraum, in denen schülerorientiertes Arbeiten eine Freude machte. Ein weiterer Klassenraum konnte soweit umgebaut werden, dass er als Ausweichraum – allerdings ohne Gasanschluss – für die Naturwissenschaften benutzbar war. In all diesen Fachräumen unterrichtete nachmittags auch das „Studienkolleg für ausländische Studenten“, deren Hochschulzugang in Deutschland nicht anerkannt wurde und die sich nunmehr auf die Reifeprüfung vorbereiteten. Sammlungen und Einrichtungen waren daher einer hohen Belastung und Abnutzung ausgesetzt. Auch die Vorbereitungen der Versuche für den nächsten Morgen waren erschwert und bedurften notwendiger Absprachen.
1992 stellte die „Deutsche Agentur für Luft- und Raumfahrtangelegenheiten“ (DARA) vier Bonner Schulen verschiedene Satellitenempfangsanlagen zur Verfügung. Der Schulleiter entschied sich im Einvernehmen mit der Fachschaft Physik für eine Parabolantenne (1,20 m Durchmesser) und eine Omnidirektionalantenne auf dem Dach der Schule und ließ im obersten Stock des Aulagebäudes einen Raum einrichten. Mit dieser Anlage konnten die Signale des geostationären Wettersatelliten „MeteoSat“ und der polumlaufenden Wettersatelliten der NOAA-Serie empfangen und über ein Interface den Computern zugeleitet werden. In der Arbeitsgemeinschaft „MeteoSat“ setzten die Teilnehmer fächerübergreifend (Physik, Informatik, Erdkunde) die neueste Satellitentechnik ein. Am „Tag der offenen Tür“ (25. September 1997) konnte die Empfangsanlage erstmalig der Öffentlichkeit vorgestellt werden: Sie bestätigte „eindrucksvoll“ den Dauerregen des Vormittags.
Seit dem Schuljahr 1991/92 wurde die „Erste-Hilfe-Ausbildung“ zum integrierenden Bestandteil der Menschenkunde in der Biologie der Klasse 10, während der ohnehin die verschiedenen Organe des Menschen besprochen werden mussten. In der ersten Jahreshälfte stand der Unterricht unter dem Oberbegriff „Erste Hilfe“: Bei der Besprechung des Baus und der Funktionen der körperlichen Organe gingen die Unterrichtenden gleichzeitig auf Fragen der Sofortmaßnahmen im Falle einer Nothilfe ein. Auf die theoretische folgte die praktische Ausbildung unter Anleitung eines Notarztes und eines Rettungssanitäters am Beispiel einer sehr lebensnah geformten (schuleigenen) Menschenpuppe.
Seit 1994 ließen sich jedes Jahr ca. 20 Schülerinnen und Schüler vom „Malteser Hilfsdienst“ innerhalb von vier Tagen zu Schulsanitätern ausbilden, die dann auch die Versorgung in einem Notfall mit erster Hilfe vornehmen konnten (Notruf absetzen, reanimieren, Verbände anlegen, usw.). Am Schuljahresende durfte der Schulleiter den stolzen „Sanis“ die Teilnahmeurkunde überreichen. Sie trafen sich jeden Donnerstag in der zweiten großen Pause zu einer wöchentlichen Besprechung. Bei einem Schulunfall wurden die jeweiligen „Diensthabenden“ per Handy (auch aus dem Unterricht) vom Sekretariat gerufen, um sich, mit der nötigen Ausrüstung versehen, zum Unfallort zu begeben, einen Notruf abzugeben und die Erstversorgung zu übernehmen. Die Schülerinnen und Schüler meldeten sich gerne für dieses Schulprojekt, weil sie im Team arbeiten und auch gleichzeitig selbstständig und verantwortungsvoll handeln konnten Die Schulsanitäter erhielten auch die Möglichkeit, bei den Maltesern eine vollständige Ausbildung als Erste-Hilfe-Helfer zu beginnen oder/und ein freiwilliges soziales Jahr abzuleisten.
Ab 1999 verwirklichte die Schule das Konzept „Umwelttage“, die Umweltproblematik und Naturkenntnisse erlebnisnah zu vermitteln suchten: Nämlich das in Klasse 8 im Biologie- und Erdkundeunterricht gewonnene theoretische Wissen zum Thema Umwelt und Naturschutz durch praktische Arbeit „vor Ort“ (in Wald und Flur sowie der Tierwelt) zu ergänzen, das Problembewusstsein zu stärken sowie später präventiv zu handeln. Die Schule vermittelte Praktikumsstellen bei Umweltorganisationen, Forstämtern, Forschungseinrichtungen, auf dem landwirtschaftlichen Versuchsgut der Universität Bonn, usw. Die Klassen teilten sich je nach Neigung in Gruppen von bis zu 10 Telnehmern auf, damit die Überschaubarkeit und der unmittelbare Kontakt zum Gruppenleiter gewährleistet blieben. So wurden an zwei Tagen im Frühjahr Teiche gereinigt, Kröten von den Wegen und Straßen aus der Gefahrenzone gebracht, Bäume zur Verjüngung des Waldes neu gesetzt, Ställe gesäubert und Tiere gefüttert. Durch das eigene Erleben und die eigenständige Arbeit verstärkte sich die Erfahrung, allein oder in der Gruppe etwas bewirken zu können für den Schutz bedrohter Ökosysteme; auch der richtige Umgang mit der Tier- und Pflanzenwelt wurde eingeübt.
Am Ende der 90er Jahre nahmen die Teilnehmer des Biologie-Leistungskurses 11 die Einladung des Leiters der epileptologischen Abteilung der Bonner Universitätskliniken wahr, um sich über den augenblicklichen Stand der Hirnforschung zu informieren. Nach den überaus positiven Erfahrungen bot die Schule jährlich für die Stufe 11 zwei „Tage der Naturwissenschaften“ an, die den Zugang zu den Naturwissenschaften erleichtern und fördern sowie gleichzeitig Einblick in die neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse bieten sollten. Die Schülerinnen und Schüler konnten unter verschiedenen Lernorten auswählen: z. B. zwischen dem Deutschen Zentrum für Luft- und Raumfahrt, dem Chemischen Institut der Universität Bonn, der Klinik für Epileptologie; dem Forschungszentrum „CAESAR“.
Nachdem zu Beginn des Jahrtausends der Schulleiter sogar eine Chemie(!)lehrerin nach dem neuen „schulscharfen“ Verfahren aussuchen und einstellen durfte, konnte auch in diesem Fach – über die Abdeckung des Pflichtunterrichts hinaus – eine Chemie-Arbeitsgemeinschaft eingerichtet und Schülerinnen und Schüler zur Teilnahme an dem Experimentalwettbewerb „Chemie entdecken“ beflügelt werden: Neben der Bewältigung von je nach Jahrgangsstufen gestaffelten Experimenten gab es noch Zusatzaufgaben zu lösen, die auch den richtigen Umgang mit Computer und Internet unter Beweis stellen sollten.
Um Freude und Interesse am Fach Mathematik zu wecken und zu fördern sowie mathematisch Begabte zu entdecken, nahmen seit Beginn des Schuljahres 1999/2000 interessierte Schülerinnen und Schüler an der „Mathematik-Olympiade“ teil, einem Wettbewerb der ehemaligen DDR, den nach der Wende auch die alten Bundesländer übernahmen. Die nach Klassenstufen differenzierten Aufgaben wurden von Rostock aus zentral gestellt. In der ersten Runde waren Hausaufgaben auf Schulebene zu lösen; wer sich hier qualifizierte, hatte in der Regionalrunde in einer der Bonner Schulen eine je nach Klassenstufe zwei- bis dreistündige Klausur zu schreiben. Die Landesrunde, auf der die Teilnahme der Klassen 5 bis 7 endete, fand an wechselnden Orten Nordrhein-Westfalens statt. Von der achten Klasse an konnte man sich für die Bundesrunde qualifizieren, um dort gegen die erfolgreichen Absolventen der anderen Bundesländer anzutreten. Bis in die Landesrunde schafften es auch Schülerinnen und Schüler des Beethoven-Gymnasiums. Die Preisträger wurden dann zu einem „Mathe-Camp“ eingeladen, um eine gezielte Förderung der speziellen Fähigkeiten und Interessen zu erfahren.
Seit dem Schuljahr 2001/02 konnten im Rahmen des Projektes „Fördern, Fordern, Forschen“ (FFF) Schülerinnen und Schüler an ausgewählten Vorlesungen und Übungen in den Fächern Mathematik, Physik, Chemie und Informatik mit den normalen Erstsemestern der Universität Bonn teilnehmen und auch die entsprechenden Zertifikate erwerben. Für die vormittäglichen Vorlesungen gab es zwar Unterrichtsbefreiung, aber die Arbeitsbelastung war ausgesprochen hoch, zumal selbstständig für die Schule nachgearbeitet werden musste. Der erste Teilnehmer des Beethoven-Gymnasiums hatte sich für Physik entschieden und in der abschließenden vierstündigen Klausur gut abgeschnitten. Anschließend ermunterte er die Schule, auch in Zukunft die Teilnahme an diesem Projekt zu ermöglichen, sowie seine Mitschülerinnen und Mitschüler, trotz aufkommender Schwierigkeiten nicht aufzugeben.