Nachdem Papst Clemens XIV., selbst Minorit, die Gesellschaft Jesu unter politischem und innerkirchlichem Druck am 21. Juli 1773 aufgehoben hatte, förderte Kaspar Anton von Belderbusch (1722 – 1784), Minister des Kurfürsten Maximilian Friedrich von Königsegg-Rotenfels (1761 – 1784), den Ausbau des Bonner höheren Schulwesens zur Akademie und schließlich zur Erhebung zur Universität. Während die fünf Gymnasialklassen weiterhin von ehemaligen Jesuiten unterrichtet wurden, hielten seit 1774 in den Räumen des Gymnasiums vor allem Minoriten Vorlesungen in Philosophie, Theologie und Kirchenrecht. 1777 kam die medizinische Fakultät hinzu, aber erst 1783 fand die feierliche Eröffnung der Kurfürstlichen Akademie statt, als deren Teil das Bonner Gymnasium galt.
Nachdem Kaiser Joseph II. die Genehmigung ausgesprochen hatte, die Akademie zur Universität zu erheben, konnte sein Bruder, Kurfürst Maximilian Franz von Habsburg (1784 – 1801), die Kurfürstliche Universität 1786 offiziell eröffnen. Sie war Ausdruck einer neuen Staatsgesinnung und – in bewusstem Gegensatz zu Köln – ganz im Sinne der Aufklärung ausgerichtet.
Die Gymnasialklassen (die Schülerzahl sank von 135 im Schuljahr 1774/75 auf ca. 90 in der ersten Hälfte der 80er Jahre) waren nunmehr „Unterklassen“ der Akademie. Für sie galt seit 1777 eine neuer Plan für den Unterricht: Die alte classis infima blieb zwar bestehen, war aber keine eigentliche Gymnasialklasse mehr. Die neuen Klassen hießen nun erste, zweite, dritte und vierte Unterklasse. Der grammatische Lehrgang in Latein verteilte sich auf die vier Klassen. Während der Unterricht in der deutschen Grammatik in der dritten Unterklasse abschließen sollte, hatte die vierte Klasse die Aufgabe, in die „Belleterey“, in die Rede- und Dichtkunst einzuführen. Vorwiegend in dieser Klasse sollten – neben den lateinischen – auch deutsche Aufsätze geschrieben werden.
In der dritten Klasse begann der Französischunterricht, in der vierten kam mit drei Wochenstunden Griechisch hinzu. Die Universalgeschichte von Abraham bis Joseph II. sollte in Verbindung mit der Erdkunde gelehrt werden. In Mathematik, Biologie und Physik wurden nur elementare Kenntnisse vermittelt. Einstündigen Religionsunterricht gab es sonntags und donnerstags. Dieser Plan bildete die Grundlage für den Gymnasialunterricht bis in die preußische Zeit hinein.
Der Unterricht fand morgens im Sommer von 7 bis 9 Uhr, im Winter von 8 bis 10 Uhr statt, nachmittags von 1 bis 3 Uhr, im Winter von 2 bis 4 Uhr. Schulgeld musste auch jetzt nicht gezahlt werden, da das Vermögen des ehemaligen Bonner Jesuitenkollegs für die Unterhaltung der Schule eingesetzt wurde. Die Eltern zahlten nur für die Beaufsichtigung in den Silentien und für die Lieferung von Wachslichtern (Kosten für Brand und Licht waren drittgrößter Ausgabenposten).
Die Aufsicht über den Unterricht und die Lehrer übte bis ins „Kleinliche“ der Akademierat aus. Die Lehrer wohnten in den Räumen des „Collegiums“, wo sie auch verpflegt wurden. Es gab eine strenge Hausordnung für alle und genaue Anweisungen und Verbote beim Verlassen des „Collegiums“, um in die Stadt zu gehen.
Nachdem die französischen Truppen bis an den Rhein vorgedrungen waren und am 8. Oktober 1794 Bonn erreicht hatten, musste der Unterricht für ein Jahr unterbrochen und konnte 1795 nur rudimentär wieder aufgenommen werden. Im Frieden von Campo Formio 1797 fiel das linke Rheinufer an Frankreich, und die Professoren und Lehrer des Gymnasiums sollten den Eid auf die französische Republik leisten. Nach ihrer Weigerung schlossen die französischen Behörden am 28. April 1798 die erste Bonner Hochschule.
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