Der Schulleiter des Beethoven-Gymnasiums, Geheimrat Dr. Emil Genniges, der in Bonn Germanistik und alte Sprachen studiert und sein Referendariat 1889/90 an dieser Schule absolviert hatte, war schon 12 Jahre im Amt, als die revolutionären Ereignisse 1918 auch auf das Rheinland übergriffen. Mit dem Sturz der Monarchie wurde aus dem Königlich Preußischen Gymnasium ein schlichtes „Staatliches Gymnasium“ zu Bonn, was nach der bisherigen Tradition der Namensgebung weder Schulleiter noch Kollegium behagen konnte. Ein anderes, noch weithin sichtbares Relikt erinnerte an die monarchische Zeit: die drei Kaiserfenster der Aula. 1919 setzten angeblich Spartakisten Genniges unter Druck, sie zu entfernen, sonst würden sie sie zerschlagen. Der Schulleiter ließ sie daraufhin herausnehmen und auf dem Speicher der Schule abstellen, – wohl in der Hoffnung auf eine spätere Weiterverwendung. In die drei leeren Medaillons baute man schmucklose, weißgelbliche Glasflächen ein.
Die revolutionären Ereignisse 1918/19 entwickelten vornehmlich bei der katholischen Bevölkerung des Rheinlands zusätzlichen Zündstoff durch die Berufung des als Atheisten „verschrieenen“, linksradikalen Vertreters der USPD, Adolf Hoffmann, in das preußische Kultusministerium, dem man sogleich die Absicht unterstellte, die Schule aus dem kirchlichen Bereich lösen zu wollen. In diesem Sinne wurden die Verordnungen Hoffmanns, die geistliche Aufsicht in der Volksschule, das Schulgebet und Religionslehre als Schulfach abzuschaffen, als Versuch gewertet, eine Einheitsschule ohne kirchliche und politische Bevormundung einzuführen. Es kam zu scharfen Reaktionen des rheinischen Zentrums und der DNVP, die sich bald in „Kulturkampf“ ähnliche Heftigkeit und vereinzelt sogar in separatistische Bestrebungen gegenüber dem Reichsland Preußen verstiegen. Auch die überaus starken Proteste der Geistlichkeit und der akademisch ausgebildeten Lehrerschaft führten schließlich zu einer schnellen Entlassung Hoffmanns und der Rücknahme seiner Erlasse.
Für weitere Befürchtungen sorgten die Beratungen der Nationalversammlung über die Ausgestaltung des Schulwesens in der neuen Verfassung. Durch seine Zustimmung zum Versailler Vertrag erreichte das Zentrum in dem „Weimarer Schulkompromiß“ (Art. 146,2 und 174 der Reichsverfassung) die faktische Anerkennung der Konfessionsschule im Rheinland, so dass hier das Schulwesen in der bisherigen Form weitgehend bestehen blieb. Allerdings wurden reichseinheitlich die ehemaligen (meist dreijährigen) „Vorschulen“ der höheren Schulen abgeschafft und ein vierjähriger Volksschullehrgang (mit anschließender Aufnahmeprüfung) als Voraussetzung für den Übergang zum Gymnasium festgelegt. Darüber hinaus wählten die Eltern für jede Schule Beiräte (auf je 50 Schüler ein Beiratsmitglied), die – in Verbindung mit der Lehrerschaft – durch „beratende Mitwirkung“ für ein „gutes Einvernehmen“ mit der Schule sorgen und in Versammlungen mit den Lehrern vor allem über Erziehungsfragen beraten sollten.
6.2 Beibehaltung der traditionellen Schultypen in Preußen: „Staatliches Beethoven-Gymnasium“