Die häufige und zunehmende Inanspruchnahme der Schule durch die Nationalsozialisten mit Veranstaltungen, Lehrgängen, Vorträgen, Sammlungen u. ä. hatte bis Ende der 30er Jahre einen offenkundigen Abfall der Leistungen zur Folge, der sich seit Kriegsbeginn auf das Abitur erstreckte. Schon ab September 1939 erhielten Schüler der Abschlussklassen, die zum Heeresdienst einberufen wurden, ein Abgangszeugnis mit Reifevermerk, wenn ihr Verhalten und ihre bisherigen Klassenleistungen es rechtfertigten. 1940 wurde die mündliche Abiturprüfung vereinfacht, zumal eine ganze Reihe von Primanern schon vorher eingezogen war oder sich freiwillig gemeldet hatte. 1941 brauchten die Abiturienten im Rheinland wegen der Kriegsverhältnisse nur den deutschen Aufsatz zu schreiben; ohnehin hatten die 8a (Stufe 12) nur noch vier, die 8b sechs Schüler, die noch nicht eingezogen waren. Wiederum waren die mündlichen Prüfungen weitgehenden Einschränkungen unterworfen; sie dienten in erster Linie der „Klärung noch bestehender Zweifel“. Selbst die Prüfung in Biologie war nicht mehr verpflichtend. Ehemalige Schüler der höheren Schule, die Wehrdienst geleistet und die Versetzung in die vorletzte Klasse erreicht hatten, durften sich 1941 innerhalb von 6 Monaten in Sonderlehrgängen auf das Abitur vorbereiten.
1942 bis 1944 fand keine schriftliche Abiturprüfung mehr statt; sie wurde durch die Wertung der Ergebnisse der letzten Klassenarbeiten in den vier Abiturfächern ersetzt. In Bonn kam die letzte Verfügung nicht mehr zur Geltung, die allen Schülern der Abschlussklassen, die Wehr-, Reichsarbeits-, Luftwaffenhelfer- oder anderen Kriegsdienst leisteten, am 31. März 1945 den Reifevermerk bei charakterlich ordentlicher Führung zusprach. Die wenigen restlichen Schüler der 8. Klassen sollten zusammen mit den 7. Klassen unterrichtet werden und das Abitur in der bisherigen vereinfachten Form ablegen. Nach 1945 mussten viele dieser Schüler, die einen Reifevermerk ohne schriftliche Prüfung erhalten hatten, diese nach einem Sonderlehrgang nachholen.
8.10 Ende des Schulunterrichts und Zerstörung des Gebäudes (1944)